V roce 1938 narušil v Šumperku bohulibou a cílevědomou činnost pracovitého ředitele blížící se „Mnichov“. Po vyhlášení mobilizace byl jako lékař v hodnosti kapitána povolán k armádě do Zlína a následně dál, na Slovensko. Okupace československého pohraničí včetně Šumperka znamenaly pro dr. Reisse životní zlom. Kvůli mnichovskému diktátu se do svého působiště v okupovaném Šumperku, po kterém se mu velmi stýskalo, již vrátit nemohl. Uchýlil se proto do Jevíčka, kde nastoupil 8. října 1938 jako primář dětského oddělení Zemské plicní léčebny, aby mohl zůstat věrný svému životnímu poslání – starosti o nemocné děti. Jevíčská léčebna se stala útočištěm nejen jeho, ale i části dětských pacientů ze Šumperka, kteří sem byli přemístěni. Pracoval zde ve skromnějších, mnohdy i v nedostatečných lékařských podmínkách, avšak o tuberkulózní děti pečoval se stejnou láskou jako v sanatoriu šumperském. Dětských lůžek bylo v Jevíčku tehdy 80, což byla asi třetina počtu v Šumperku. Proto se primář snažil, aby byla kapacita dětského pavilonu navýšena a tím zřízena náhradní dětská léčebna za ztracený šumperský ústav. Jeho snahy však byly marné, nedočkaly se kladné odezvy u nadřízených úředníků. V dětském pavilonu alespoň svépomocí zdokonalil jeho provoz a získal pro něj samostatný rentgen a vlastní laboratoř. Brzy se s velkým úsilím a energií sobě vlastní zapojil do chodu celého ústavu, a tím i do léčebné péče o pacienty dospělé. Dr. Reiss se dále vzdělával, účastnil se lékařských sezení, přednášel své poznatky, vydával řadu odborných článků k tuberkulózní problematice. I nadále byl činný v Sokole, podílel se na práci Masarykovy ligy proti tuberkulóze v Jevíčku a od května 1941 na přípravě vědeckého sjezdu věnovaného dětské tuberkulóze. Avšak zlá doba stupňující se perzekuce byla i takovéto činnosti nepříznivá a on v ní nemohl dále pokračovat. Jeho kolegové těžce nesli, že do léčebny přestal docházet tak, jak jej znali dříve – jako člověk milý, usměvavý a plný pracovního elánu, jenž měl vždy víru ve věčnou platnost pravdy a práva. Při oslavě Reissových padesátin pronesl jeden z přátel přípitek s přáním jeho brzkého poválečného návratu do Šumperka, protože jeho kolegové a přátelé dobře věděli, jak strádá, jak se mu po jeho sanatoriu stýská. Slyšel to bohužel i přítomný německý úředník, a tak se tento přípitek stal pravděpodobně prvním podnětem k jeho pozdějšímu penzionování. MUDr. Otakar Reiss pracoval v jevíčské léčebně jen do 31. ledna 1942, kdy byl v podstatě z politických důvodů ve věku 52 let předčasně poslán do penze. Ještě rok pracoval v poradně Masarykovy ligy proti tuberkulóze v Boskovicích, která mu byla velkou útěchou a jíž se pilně věnoval. Velmi jej zarmoutila zpráva o náhlé smrti jeho přátel dr. Václava Skaláka a dr. Jana Vignatiho, kteří byli v Olomouci popraveni nacisty.

V lednu roku 1943 si dr. Reiss našel práci daleko od rodiny, v pražských ambulatoriích a v poradně v Říčanech, kde mohl vykonávat rozsáhlejší lékařskou praxi. Pracoval tam ve ztížených podmínkách, ale vytrvale a s chutí. Bydlel u své sestry na periferii Prahy, kam zajížděl jen na noc, a střídmě se stravoval po restauracích. Svou rodinu, která zůstala v Jevíčku, navštěvoval jen velmi zřídka. V Praze byla především vyhledávána jeho činnost v poradně, neboť byl velice laskavý a pomáhal českým lidem, jak jen se dalo. A to nejen nemocným, ale i zdravým, kteří vzhledem k hrozícímu pracovnímu nasazení v Říši „nemocní“ být potřebovali. Řadu jich v pracovní neschopnosti držel uměle, některé i léčivým pneumotoraxem. Svými kolegy a personálem říčanské poradny byl ctěn a milován.