Po „Mnichovu“ zabrala šumperské sanatorium župní samospráva, oddělení sociální péče pro sudetské území se sídlem v Liberci. Budovy zrušené léčebny byly po dobu jednoho roku využívány postupně dle potřeby jako zotavovna pro německé vojáky, dětský domov i tábor pro uprchlíky německé národnosti z východní Volyně. Dne 27. října 1939 se sudetská župní samospráva stala majitelem léčebny a obnovila v něm opět dětské sanatorium pro léčbu tuberkulózy s původní kapacitou 220 lůžek, kde se léčily děti německé národnosti. Ředitelem župní léčebny (Gau-Kinderanstalt Mähr.-Schönberg) se stal dr. Eugen Koberstein. Jako ortoped specializoval ústav na léčbu tuberkulózy kostní a pohybového ústrojí. I během války byly v léčebně prováděny stavební úpravy. Největší změnou bylo zastřešení rozlehlé venkovní terasy na pravém křídle, kde se již dlouhou dobu vyskytovaly problémy se zatékáním a prosakováním vody do nižších podlaží. Toto zastřešení bylo brzy upraveno tak, že vznikla na jižní straně úzká krytá dřevěná lehárna se spojovací chodbou do 2. patra hlavní budovy. Lehárna sloužila dětem s plicní tuberkulózou, které byly do šumperského sanatoria přemístěny v roce 1942 ze cvikovské léčebny. Děti německé národnosti pobývaly v sanatoriu až do roku 1945, kdy byl po osvobození Šumperka jeho dosavadní provoz náhle ukončen.